闇の意思のゾークたまは浄化されてる
ただ千年アイテム自体闇のアイテムで千年リングは他の千年アイテムと比べて邪悪なパワーが強い（記憶編でマハードが自分の力の一部を使って抑えてる程）
闇獏良のように人格として出てヒャッハーする事は出来ないけど人の心に付け込んで悪さする程度の力は残ってる

同じようにアテムが降臨した理由も超パワーとかご都合主義じゃなくて千年パズルに元々ある願いが叶う力のおかげ
海馬とのデュエルで組み立てた時に願いが叶わなかったのは遊戯が頭の中でアテムは戻って来ないと思ってたから
リングとの戦いの時に叶ったのは海馬からの一言や自分の意識が薄くなった影響で願いが明確になりパズルの力で降臨
元々の力の強さがマハード＞＞＞マハードの一部＞邪悪パワーだったからマハードが楽々撃破

何回も見てるとだんだん全てが海馬の計算だったんじゃないかと思えてくるから怖い