俺の解釈

世界というものには自己修復能力があり、不条理なものを排除しようとする。
糸守に何回も彗星が落ちるのは世界のバグである「入れ替わり」を代々引き継いでいる宮水一族を滅ぼすため。
それ防ぐために宮水の氏神が瀧と三葉を引き合わせて死の運命から回避させた。

記憶や電子機器のデータが消えるのは世界のバグを修正する力が働くため。
でもなんとなく覚えているのはあの出来事は物質としての脳に記憶しているのではなく、魂に記憶されたものであるから。