1.まどかがワルプルギスの夜と戦ったという事実を無かったことにして、まどかとの出会いをやり直したい
2.まどかがワルプルギスの夜と戦ったという事実はそのままになってしまうけれど、同一時間軸のまどかとの出会いをやり直したい
3..まどかがワルプルギスの夜と戦ったという事実はそのままになってしまうけれど、全く同じ人間性でも別時間軸のまどかになってしまうけれど、出会いをやり直したい
1と2の差の方が、2と3の差よりもずっとずっと大きいと思わない？

結局１＞２＞３ということは自認しているみたいだね
キュゥべえの台詞により１は否定されている以上、
ここの解釈としては２が適当かな