あのウイルス達は奪われたデータを取り返しに来た残骸データってだけでプログラムに対しての攻撃能力はないんじゃないかな。

マザー管理下のデュアルとドロシーがその残骸データをウイルスって認識させられてただけで実際に悪さをしてたわけではない。
ダウングレードしてViOS管理下になってからウイルスの姿が変わったのはウイルスと認識しなくなったから。

中盤でデュアルとドロシーがウイルスに襲われたはずなのに何とも無かったのもそれで説明がつく。

まあ推測に過ぎないんですけどね。