一行まとめ：コンピューターの世界を守る女の子達の話

流れ
人類が世界を管理するための地球環境シミュレーターを開発
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女の子二人組(デュアルとドロシー)はそのシステムを守るアンチウイルスソフト(電脳世界の中の人格)
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シミュレーター(マザー)の中では地球を再現した様々な時代の仮想世界や実際の人類一人一人の仮想人格が存在＝知識の箱というバックアップ
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マザーは人類を害悪として認識、女の子二人組に仮想世界内から悪を排除するよう命令を出していた＝女の子達にとってはウイルス退治
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マザーにとっては地球環境を維持するために理想の人間を作る(綺麗な仮想世界だけを残す)ことが最終目的
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現実世界では人類はマザーの狙いに気付きマザーを消去するも代償として滅亡する
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消去から逃れたマザーの残滓がリモ
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ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー映画はここから↓
いつものようにウイルス退治している時にリモと二人組が遭遇
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なんかよく分からないけど仲間が増えたわーいわーい三人できゃっきゃうふふ
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最近ウイルス増えたねー退治退治
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やばいかつてない強さのウイルスだ！勝てない！
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アップデートで増えた重荷を捨て去った初期状態に戻ったら強くなった！ウイルス退治退治！
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リモの中のマザーの攻撃意思が二人を敵と認識
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リモ「そんなことさせない二人の中のプログラムの一部を私が取り込む！これで二人は敵認識されないよ！でも私がウイルス扱いになるから消えちゃうね」
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生き残った二人「これからもこの世界を守ろういつかリモが戻る時のために」
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めでたしめでたし