ただまどかは、自分が契約して世界を改変することがほむらの思いに反することだとわかっていたわけだしね
それでも結果としてはほむらを救うことになると信じていたのかもしれないけど

あくまでもまどかの願いの根底にあるのは「希望を抱くこと、何かを願うことは間違いじゃない」という思いだし
そういう考えのまどかが、ほむらの行動を否定できるのかっていう疑問はあるかなぁ

ほむらの叛逆がまどかの願いと真っ向から対立するものなら、あるいは逃げ出したり否定したりもするかもしれないけど
少なくともほむらは「魔法少女の救済」というところまでは否定していないし、まどかも迷いこそすれ最終的には受け入れそうな気もする