>１話から11話の間で、まどかが魔法少女を消し去る願いをすれば自分が消滅してしまうと悟る描写が何処にあったよ
12話の願いを叶える段階では悟っていたようだよ
マミさんと杏子ちゃんとまどかの三人で語ってたシーンは、願った後に現実を見て認識が変わった風ではないだろう

ただそこでいう消滅ってのが、
自分視点で自分が消滅してしまうのか、宇宙視点で宇宙から消滅してしまうだけで自分視点ではただ宇宙から退去するだけか、
この点で前者だと思ってないはずなのは、そうだろうな
まどかがもともと抱いていた願望が誇れる自分になりたいという形だし、願い自体も「この手で」なんだから