杏奈は別れのシーンの時点では
マーニーが祖母だとは全く思っていないし

マーニーを許した = 祖母を許した

というわけではないと感じるな。
特に原作ではそういう雰囲気は微塵も無いし。

ただ、米林がその2つを重ねあわせたかったんだろうという雰囲気は
祖母の葬式の回想シーンを挿入したことによって、少し感じるけど。