>>476
マーニーの罪は意図しなくとも杏奈をサイロに置き去りにしたこと。
極端に言えば、杏奈に対して裏切りの誤解を与えた事が罪。
マーニーが許してと言ったのはその誤解を与えて杏奈の心を苦しめた事に罪悪を感じたからだし、
誤解であってもマーニーがそのことで罪悪感を持ってくれているとわかった時点で杏奈は嬉しかったと思う。
そのマーニーが感じている罪悪を解消できるのは杏奈しかいないわけだから杏奈もその罪を許すわけだ。
相手を許すと言う事は、相手が抱えている罪悪を取り除いてあげる事でもあるわけだし。

つまり、
誤解から、杏奈がマーニーは自分に対して罪を犯したと思う。
↓
マーニーが杏奈の気持ちを理解し誤解であってもこれは罪だと思い罪を背負って許しを請う。
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結果としては誤解であったが既にマーニーはそれを罪として背負ってくれているのでそれを許しマーニーを罪悪から救った

って感じかな。