あのシーンは別に「許した」わけではないでしょ。
「誤解を解いた」と表現するほうが適切。

なぜならマーニーは「あの場にアンナはいなかった」と言ってるわけだから
許すもなにも、マーニーは最初から何ら悪いことをしていないということになる。