元々のセリフの「来て」の方が分かり易いな。
「来て」というのは菜穂子の最大級の愛の言葉、つまり「愛してます」なんだわ。
つまり全てを失って夢も希望もなくなったボロボロの二郎に「私は今でも愛してるわ」ってこと。
で、ちょっと言葉で説明しにくいが、二郎としては精神的なところで「全てを失った訳じゃないんだ。
ありがとう菜穂子」って感じ。

で、「だからあなたはこれからも「生きて」下さい」の意味につながることになるんだけど、
あそこで「生きて」は突拍子もなくストレートすぐる。
素直に「来て」の方が映画としては良かった気がするなあ。