カヲルが「僕が第１３の使徒になってしまったからね」と言ってた事から、
カヲルの思惑としてはシンジが使徒と化して二人でフォースを起こそうとしていた。
この事から、ゲンドウの狙いはカヲルの排除にあると分かる。
シンジの拠り所を痛々しい形で引き離すやり口は旧劇と同じ。

また、「アダムスの器」について。
破の次回予告に出ていたアダムス達はミサト等、ヴィレの活動により全てを破壊されている。
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その後、ゲンドウの手によって復元されたのがエヴァマーク９たるアダムスの器。みたいな。