>はたらくおじさん、おばさんへの敬意がない(児童相談所員や清掃局員の描写など)

アレは、「どうしようもない現実」を描いているのであって。
誰にでも、思う様にならない事は有るものだ。
全部上手く行く訳も無い以上、しょうがない。

>草平母の描き方は明らかに意地が悪い(花のネガにあたる人物として意図的に悪く描かれている。

上に同じ。

>子供のいる母親は、再婚するなってこと?)

被害妄想に近い。
子連れ再婚している女性は幾らでも居る。
「再婚」と、「育児放棄」は、別の事だ。

なお、花の母もああだった事が、暗示されているかも知れない。

>学業軽視(花の中退、雨の不登校。長期不登校や妊娠による中退などは現実にあって重たい問題なのに、なんかいいことみたいに描いてある…?)

花も、雨も、其々、勉強熱心でしたよ。
その然るべき学習場所が、「学校」ではなかっただけで。
学校に、必要以上に拘ると、そこに上手く合わない身近な人間を、追い詰める結果に成るかもな。正義面・道徳面してさ。