1・ナツキがケンジを恋人役に選んだ理由
草食系男子なので男子苦手なナツキにも拒否反応がなく、
まじめで(全く気を使わなくてよさそうな)後輩だったから(小説補填)

2・暗号解いて無いケンジのアバターが盗まれた理由
セキュリティ突破の回答を一番早く送った人間(脳内補填希望)

3・ジョンとヨーコがナツキにレアアイテムくれた理由
アイテムには効果なし 大量アカウントから委託された記念アイテム

このスレ参照にした自分なりに出た結論