国木田「（谷口の）親父さんの方針が病は気力で治せってもんだから、四十度を越さないと学校休めないみたいだよ。」

ここがポイントじゃない？
古泉やハルヒの個性までは改編できないのと同じで、
谷口パパの教育信条までは長門もアクセスできなかったと。
消失世界に時間越しにアクセスしようとしてもプロテクトがかかっていたのと同じ理屈で
個々人の個性にもプロテクトがかかっている。
長門は膨大な計算をして全ての個性とコンフリクトせず、なおかつ気付かれすらしない世界を創造したと。
自分はそう解釈したけどね。