元の世界と消失世界とはいうものの、消失世界でキョンにとって価値があるものは消失長門だけ。
改札で消失長門にだけ色が付いてたのはそう言う理由だと思う。

天秤にかけたとしたら世界（ハルヒ、長門、みくる、古泉、その他色々）と一人の少女（消失長門）ってことになるのかもしれない。

こんな有り得ない天秤が成立しているだけでも長門の想いは十分伝わってると思う。
その上「今のままのお前がいい」だとか言われてるんだから。