見ました。
前半はなかなか良い出来、後半は確かに齟齬が目立ちますね。
素材がコミック版に近いとすると、料理の仕方を間違えたように思います。

真保氏＋岡田氏＝コミック版
真保氏−監督＝映画版
といったところでしょうか。

それでも人魚の剣については無理に解釈するなら、
・剣の伝説については、伝説自体が出鱈目だったということで。（或いはメジーナ博士の解読が出鱈目だったか）
　鎧とティアラと剣は揃わない。ティアラと鎧が一定の距離内に近づいたときにソフィアが祈ることで二つが合わさって剣に変わる。
　ブイキンは鎧が光り始めたので人魚の剣が出現すると確信して、ソフィアの近くまで行っていた。
・伝説の剣が名刀電光丸に負けた件。
　元々、武器として使うものではなかった。
　伝説の剣は環境改変アイテム。海の中の環境を自分たちに都合の良い形に改変するもの。
　（だから怪魚族が使うと海が汚れて、人魚族が使うと人魚族から見てきれいになる）
　宇宙に進出する際、他の惑星の海の環境を自分たちに都合のよい形に変換できる、ということで宇宙に進出し、移住し、繁栄するためには必須のアイテム、がいつの間にか宇宙征服という言葉に置き換わってしまった。

・ついでに、星空のシーンについては、スネ夫がすごーくいい奴だったのだと思うことにします。