作中のカードバトルのシーンで
デュエルディスクという機械によりカードに描かれているモンスターが立体化する
という現象をよりリアルに見ている人が体感出来る事が3Dの白羽の矢が立った理由かなと思います
時間も適度に短くて実験してみるには丁度良かったようにも思いますし。
ケロロとかは別に3Dの付加価値を与える必要も無く
ちびっ子にメガネの負担をかけたり
3Dにする利点を製作サイドがあまり感じなかったのかも?