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「9組はない」、「こーよーえんは進学校」
この事実にあわせて1年間の過去記憶情報と物理的な変更を加えた。
で、おかしいとおもってもじっさいそうなんだから違和感は残っても納得するって事だよね。
で、うがった見方ではその残った違和感が長門のヒントだったと。
仮に矛盾だったとしても、その矛盾は物語的にたいしたものではない。と。

でも、誰も違和感を感じた様子は無いから、（ハルヒでさえ自分の記憶に自信もってるし）
そんな曖昧な疑問点は残してはいないと思います。
だって、「こうようえんが進学校」に改変できるならOBは在学時にに女子しかいなかった学園生活の記憶が残っているんだから、絶対違和感感じるはずです。
9組も9組が存在しなくても、9組の教室を利用した記憶がある人は違和感を感じるはずです。（他の階も縮んでいるんだし、違和感持つ人はもっといるはず）

それと、なぜそこが気になるかというと、「昔から9組が無かった」が可能だったら「ハルヒがキョンと出会っていない」
様に過去記憶情報の改変が可能だと思うからです。そしたら、3年前まで手が回らなかったに矛盾が生じる。
この物語のキモの「3年前まで手が回らない」から「ハルヒと3年前の記憶を共有していた」が繋がらなくなる。
ただ単に長門の不手際ということになってしまう。
ここまで書いてなんか眠いし頭回んなくなったので、やっぱり「ながるんは矛盾ばっかり」で完結させとけばよかったと思いました。