抜粋
・3はアセンデッドマスター（超越した人間とその霊魂）を示す天使の数字である
・リサカーのナンバープレートの333
・ポニョの睡眠の回数（フジモトの「ポニョが寝てくれれば・・」が印象的）、おそらく睡眠＝輪廻を指す。
・ポニョの生まれ変わりの回数
・クラゲドームでのグランマンマーレの3つの言葉に対する宗介の3回のコールorレスポンス

クミコ、ミサ、トキは時間と空間を隔てた同一人物である。

そして監督である宮崎駿氏は宗介とポニョの2人に分離しており、母親は久美子、ミサ、トキの時間軸バラバラの3人の母親で投影されている。

・クミコ（幼年期）
気丈な性格。
宮崎駿監督の母の名は「美子」＋「久しい」で久しい久美子 （クミコ）と言う意味か。

・ミサ（母親が一番輝いていた女盛り時期、青年期）
気丈な性格でやさしい。
母親の若い時を投影しているので、宗介はミサを「お母さん」とは呼ばない。

・トキ（晩年期）
気丈な性格。
老人ホームで折り紙を渡すシーンで他の人は「ポニョ」なのに彼女だけ「船」を渡される、「船＝父」のイメージだから。

「人面魚は津波を呼ぶ」という発言からも海のことを知っていることから、海に関連した人物であったことが分かる。

なぜクライマックスのフジモトから宗介が逃げて孤島に飛び移るシーンで宗介を抱擁するのが、今までサブキャラだったトキなのか？
これで分かるはずです。
ちなみにリサの自宅で宗介を抱擁するシーンとアングルも同じです。 ←決定的

リサが使う3つの魔法
リサは、ポニョが宗介を連れて行こうとした化け物だと直感的に気づいているため、見た目は好意的ではありながらも警戒している。
ポニョの逆鱗に触れないように、細心の注意を払って会話をしている。

また、

・非常用ランタンでポニョの両手を封じる

・明かりをかざさせることで常に自分の近くにポニョを置く

で、ポニョの行動を規制して、文明の利器（ガス・水道・電気）という3つの文明を復活させることで戦おうとする。

水道→出た
ガス→ついた
電気→「失敗」
リサが「一人」で行わなければ効力はないが、電気がつかず、ポニョに助けられるので失敗に終わる。
上記に失敗したため、謎の人物（フジモトか）が波が氾濫した危険な町に誘い死亡