ええと纏めると風邪が流行ったのは長門が
ハルヒと同じ中学の奴をキョンから遠ざけるためなのね。

って事は長門はキョンにハルヒの事を気づかせないで世界を
元に戻して欲しくなかったって事？改変を元に戻す期限が二日ってのも
何か理由あったのかね？ずっと風邪を流行らせるつもりではなかっただろうし。