総監督は「キョンがハルヒに対する感情を再認識する」という趣旨のことを言ってるのであって
「キョンが長門よりハルヒを選ぶ」とは言ってないと思ったけど
長門が改変を行ったことと、感情の再認識は＝で結ばれるものじゃないでしょう
あくまできっかけ

非日常的な世界を肯定したことも、屋上で長門を絶対に護ると言ったことも
同じようにキョンの決意や再認識ではあるが、それぞれ別々の感情じゃないの