エリック・サティの曲が流れる部分には演出の意図があるらしいので注意して見てみたところ、
　消失長門が図書館の話しをするところ→ジムノペディ第1番
　朝倉おでんを食べるシーン→グノムシエンヌ第2番
　ハルヒがジョンスミスという言葉を聞いたとき→グノムシエンヌ第3番
　長門がキョンの腕を噛むシーン→ジムノペディ第2番
　長門がバグって世界改変→ジムノペディ第2番（オーケストラVer.）
　病院の屋上でキョンと長門が話すシーン→ジムノペディ第1番
となっていた。
見た感じ、ジムノペディは長門関連でここぞ！というシーンで使われてたね。
グノムシエンヌはよくわからんけどクラシックの知識ないとわからないようなことなのかな？
なんか知ってたら教えてくれ