女の子の言葉を聞いてありがとうと呟いてるというのは同じだが
あのシーンは屋上の後と考える。
つまり屋上でキョンに言ったありがとうは無意識的に出たもので
長門にはその意味をあまり自覚していなかった。
その後図書館であの光景を目にして
ああ、わたしがしたかったのはこういう事だったのだと気づいた。
という解釈。