リリカル世紀0088年、プレシアは死亡しアースラも勢力が衰退。摂政高町なのはに率いられたなのは軍残党（ナノシズ）はネオ・なのはと名乗り、海鳴市の制覇に乗り出す。

プレシア戦役で傷ついた戦艦アースラは、地球の海鳴市に寄港した。
そこで小学生をしている主人公アリサ・バニングスとその仲間たちは、デバイスを奪って一儲けしようと企んだ事から、アースラと関わり合いをもち、これに敵対するネオ・なのは軍の巡洋艦フェイトとの戦闘に巻き込まれる。

キャッチコピー「魔法少女、辞めました。」