ストーリー破綻はしてないよ
もともと完成されて評価を受けたストーリーがあって骨格は崩してないから
サーヴァントが全員死ぬのも描かれてるし
時間の不足による心理的描写の情報が足りないだけ

ポニョはストーリーそのものが糞