なおしてまた、
かつて、父親がヤマト乗組員であり、母・弟と３人で暮らす上条了。
父親がいないことをどこかさびしく思うが、
近所に住む、昼間から公園で酒を飲んで過ごすおっさん古代進と仲良くなる。
古代の惨状をみかねて、相原と大田が南部に相談し、南部重工業の役員待遇の職を用意するが、
古代は一蹴してしまう。
「いつまでヤマトにひきずっているですか！雪さんと美雪ちゃんのことをどう考えてるんですか」
と語気を飛ばす南部をたまたま見てしまった上条はあのおっちゃんがかつて伝説のヤマトの艦長であることを知り、
それ以後父親のように古代をしたい、ヤマトの活躍の話などを聞く。
そのころには、古代の家まで遊びに行き、美雪も上条のことをお兄ちゃんのように好意もつ。
その後、上条は母親も病気がちであり恩給のみで暮らす貧乏の為、
進学をあきらめ手当も出る学校、宇宙戦士訓練学校に入学する。
カスケードブラックホール接近により地球の危機を知り、燃え上がるように別人のようなかつての古代に戻り、
宇宙戦士訓練学校の鬼教師になり、上條、小林ら育てる。何度かパンツ一周させられる。
そんな古代を見て密かにヤマト再建計画を練り始める真田さん。
忙しい中、思考錯誤の結果六連波動砲の搭載型に決定。
「移民船団の建造費用、運用コストだけでも大変なのにヤマトなど再建する金などない。国の財政が傾く」と政治家に突っぱねられる。
真田さんは隠居生活をおくっている藤堂元長官に直談判し、真田の気迫が通じヤマト再建計画が密かに承認される。
訓練学校で、同期の小林とは最初張り合っていたが、訓練を通じて次第に仲良くなる。
OFFの日に小林の彼女を紹介されるその名は折原真帆。
上条が宇宙戦士訓練学校に入学し、会えない寂しさから自分が上条に好意を寄せている自分に気づく。
同時期に、上条の弟とクラスメイトになり、告白されるも、兄の方が好きだと振る美雪。
ある日、訓練中に怪我をし、入院した為、上条と真帆は病院にお見舞いに行く。
学校の帰りその光景を偶然見かけ、真帆に嫉妬心を抱く美雪。
真帆も、上条のいつもどこか寂しそうな表情を見て、小林との間で心を揺らす。
時は過ぎ、第一次護衛艦隊の壊滅を聞いた古代は、燃えるような闘志を感じながら、第三路輸送船団の指揮官の就任を懇願する。」
ヤマト出発が近づいたある日美雪は勇気を振りぼって泣きながら上条に告白する「君はまだ子供だ」と諭す上条
決定的瞬間を聞いてしまった古代はショックを受ける。
そんな時上条の母が危篤状態になってしまう。
母がなくなれば弟が地球で一人ボッチになってしまう。（かつての自分を思い浮かべる）
上条を地球に置いていくかどうが必至に悩む古代。
戦闘班長は自分が兼任してもかまわないと心を痛めたが、結局本人が「乗ります」と決断する。
出発の日上条は美雪からお守りの人形をもらう。美雪の手は、針の使い方が下手のようで、気づだらけであった。
出発直前古代は「お母さんはかならず生きている。お母さんは絶対いきている」と力強く美雪を諭した。
宇宙戦艦ヤマト完結編新たなる旅立ち、前篇ー続きは劇場で。