そもそも初代より1クール少なく登場人物が多い状態で、脚本家の私情を無闇に入れ込んだり
尺を前半無駄に使いすぎて後半が詰め込みすぎ理不尽急展開詰め込みすぎで
本筋に力入れずに無駄にスイーツ受けする描写と、ターン制恋愛描写を無意味に導入したりと
脚本が糞すぎてTV版の破綻したストーリーを下地にリメイクしようとするのが間違いで

アルトは歌舞伎設定なぞ不要で普通に学生、SMSも新統合軍にし、シェリルは歌だけ
恋愛描写は初期案のアルトxブレラxランカとオズマxキノコxキャシーで描写は初代程度に
1クール目でミスマクロス&バジュラ関連を纏め、2クール目で黒幕ギャラクシー登場&船団対決
(ギャラクシー船団に潜入や拉致、内部描写も含め)
これ位にして黒幕と脇役含む各描写をしっかりやれば問題なかったし、もっと面白くなったはず