単純にその時の本家であるシータの子孫が良識のある人物だったのと
分家であるムスカの子孫の内の一人が、
いつかラピュタに戻って本家を乗っ取ろうと考えたとしても不思議じゃないんじゃない？
元々一番強い権力を持ってた本家と、目の上の瘤である本家を見上げながら生きた分家とじゃ
そういうところに思考の違いが出ても仕方がないと思うけど。
勿論シータの子孫が全員善人で、ムスカの子孫が悪人だとは思わないけど。