いやしかし「元は一つの王家だった」「地上に降りた時に二つに別れた」というのだから、
ラピュタに居た時代から二つの家系があったように考えるのはおかしくないかな？
真の王家以外に、別の役割で別の血筋の家系があるとしたらそこまでを王家扱いするのはおかしい。
別れているなら、それこそカリ城のように大公家と伯爵家、という「王家と貴族」扱いになるはず。

シータの話によると、飛行石は代々女性の間にしか伝えていない。
つまりラピュタは代々女王の国だったのではないかな。
そして、女王になにかあった場合（病気、あるいは死去したが第一継承者である王女が若すぎる場合等）
一時的に王家の男子が王になる…等のシステムでは？
地上に降りて、現女王とピンチヒッターの王家男子（女王の兄弟の類）がそれぞれ別れて暮らした…
としたほうが矛盾が無いと思う。
だから映画でも、シータがまだ若すぎるからムスカがラピュタ王を名乗れたと。