繰り返し指摘されていて、自分としても納得しているのは

1.ケンジが「田舎の大家族」というコミュニティに自ら積極的に参加しようとするまでの
 前提とプロセスがきちんと描けていない。
2.OZの設定や、描写(格闘時の操作等)、またワビスケの所行が、ある程度以上の知識が
 ある人間にとってはリアリティなく見えてしまう。
3.「つながりだけが、僕らの武器」と言ってるわりに、電脳世界から現実を侵略してくる敵に
 対して、「田舎の大家族が持つ全人格的で濃密なコミュニケーション」の、どこがどう
 武器になっているのかが描かれていない。
4.これは1とも関係してくるが、ナツキが点的なストーリーを進めるだけのキャラになっていて
 魅力に欠ける。

こんな感じ。別に欠点は欠点として認めてもいいんじゃないか。たぶん2や4は、細田氏の
「取捨選択」の結果生じてきた欠点なんだし、そんな欠点はないと根拠レスに言い張るのでは
なく、「この映画はそのような欠点と引き替えにこのような美点を得ている」というやりとりの
方が建設的ではあると思う。個人的に。