時に西暦２２２０年・・・。
宇宙戦艦ヤマトがアクエリアスの海に沈んで１７年・・・。
地球人類は未曽有の危機に直面していた。

太陽の３００倍の質量を持ち、その巨大な重力によって、
光をも飲み込む暗黒の天体「移動性ブラックホール」
今、そのブラックホールが、はるかなる宇宙から刻々、地球に迫っていた。
地球連邦政府は、移民船団を組織し、地球から２万７０００光年離れた
サイラム恒星系アマールへの移民を決行するが、
謎の大艦隊の攻撃に会い、第一次、第二次船団が壊滅してしまう。

かつてのヤマト乗組員であった古代進は、第三次移民船団の
護衛艦隊司令として宇宙戦艦ヤマトに乗り込んだ。

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