旧劇場版ラストで初号機は宇宙へ行ってしまった
それが今回、月で発見される。
ゼーレはそれを元に真のエヴァンゲリオン、EVA-06を建造し、サードインパクトを引き起こし、人類補完計画を企む

で、ゲンドウは今回、セントラルドグマにあるリリスを使って新劇場版エヴァ初号機を作る。
しかし、新劇場版初号機にはユイの魂が欠如してるので、綾波を代用し初号機を覚醒させることを企む

ここで生まれた問題がシンジの「母さんの匂いがする」発言なのだが
結局、繰り返しの世界と過程するとリリスは旧劇場版の大きくなった綾波。
そのリリスを元に作られた新劇場版の初号機だから辻褄があうと思うんだ

何を言ってるのか解ねーと思うが（ｒｙ