おれも引っかかってたんで、色々調べてみた。
原作はまだ入手してない。

> ・水素の基地を爆撃機が襲った時、連絡をもらえなかったのは何故？ワンサイドゲームだったからその調整？
ゲームとしての戦争を盛り上げるためなんじゃねーの？
で、水素としては、エンターテイメントのただの駒として使われてることに苛立った、と感じたんだけど。

> ・ティーチャーが元ロストックのパイロットだったというのは、当時ロストック側が負けてたから？
原作シリーズにあるらしい。

> その頃のティーチャーと水素って肉体関係とかあったのかな？
あったらしい。つか、映画中に、娼館で服を脱ぐ描写があったと思う。

> ・ティーチャーと函南の得意技（コブラ機動もどき？で敵の背後に回る）が同じ…という点には意味がある？
ティーチャーの弟子が水素で、函南は水素、という説があるんだって。

> ・水素が「可哀相なんかじゃない！侮辱するな！」って怒る言葉の意図とか理由がイマイチわからん
必要悪としてゲームの戦争をしてて、それに乗っかって悲しむ軽薄さ、って理解したんだけど。

> ・瑞季は仁郎（もしくはそのもっと以前のクローン体）と水素の娘ってことでおｋなのかな？
ティーチャーとの子供という説が有力だそうな。

> だとすると函南に対して全く初対面のような振る舞いをするのがちょっと不自然な気もするんだけど？
> （函南に懐いてるのは、うすうす感じてるものがあるからとは思うが…）
原作では函南＝水素なんだそうだけど・・・

> ・瑞季の服にロストック印のボタンが付いてるけど、キルドレの子供はキルドレ…ってことではないの？
よくわからん。

> ・ドライブインの入り口に座ってる爺さんは何の意味が？
よくわからん。深読みすれば色々解釈はあるだろうけど、深読みしなきゃただの背景。居ないと寂しいだろ。