ティーチャ戦で水素が生き残った辺りのことについては
別冊宝島のインタビューで押井がだいぶ詳しく語ってるよ。

「ティーチャーはおそらく、殺せるはずなのに殺すことを拒否したんだよね。
ティーチャーは今まで全員殺している。それはオープニングでやって見せているでしょ？
コクピットから脱出するヤツまで撃ち殺している。
あれはもうダメ押しで、そういう男、そういう存在なんだってことであってさ。
彼は何かに逆襲するために飛んでいるわけではないんですよ。
キルドレをブチ殺すために飛んでいるんですよ。
ではなぜ彼が水素を生かしたのか？
それは観てもらえればわかるんですけど、ちゃんと理由があるんですよ。」

水素やユーイチがティーチャに向かっていく理由とかも語られているから、
あの辺のことがすっきりしないという人は妄想で補完する前に一読をおすすめする。
関連書籍の中ではお手頃価格だし。