ミサトさんは諜報部にオートマチックの銃(USP)を預けてたよ。
漫画版だと加持さんを撃つシーンで銃がアップになるんだけど
旧劇場版でリツコさんが持ってる銃と同じリボルバー。

まぁ明確な答えはないけどね。