>>959
シンジを産んだシンジの母親としての碇ユイが
シンジを傷付け続けた他人(六分儀ゲンドウ)を喰い殺したとも見ることができる。
女としての赤城ナオコが子であるリツコを裏切ったように。

ただ、「すまなかったな。シンジ。」って言ってたからにはゲンドウの贖罪感を
イメージしたんだろうな。と、思うのが無難かな。