まぁ確かに細かい問題とは言えないかもしれんが
有名どこなら鉄人兵団の最後に何故記憶が消えないのかとか、魔界大冒険で石ころ帽子の効果が間違ってるとか
旧恐竜で言えば何で最初からラジコンねんどを使わないのかとか、何でのび太が感覚だけでラジコン動かせる程の名人か
程度のもんでしょ

ピー助との絆云々は
新旧どちらも現代パートだけでもキチンと描かれてると思う
ただ２００６の方が丁寧に見えただけ

旅の過酷さは
砂漠や岩山を辛そうに歩く映像だけでもわからない？（BGMのせいで伝わりづらい気もするが）
タケコプター整備する映像もあったし

まぁのび太とピー助の絡みを増やしたせいかこういう部分が短くなったのは残念だし、緊張感とか危機感が無いってのには同意する