原作中には三種類の人が出てくる。
人類　　　　地表の毒、腐海の毒に耐性無し
現行人類　　地表の毒、腐海の毒に少し耐性有り、貧弱だが生殖能力有り
ヒドラ　　　地表の毒、腐海の毒に耐性有り、生殖能力無し、長寿

現行人類は可能性はかなり低いが進化による環境適応を期待されて人類によって作られた存在。←計画1
ヒドラは眠っている人類の墓守、現行人類の中にも墓守をしている者もいる。

腐海により世界を浄化、浄化後に人類が目覚める。王蟲がその番人←計画2
巨神兵が自律稼動し、世界に裁定を下す役目を果たす←計画3

計画1〜3がそれぞれ独立して実行されてる、計画立案者の存在した時代目的はそれぞれ異なるので
矛盾を引き起こしている。
例、腐海の毒に耐性を持つ現行人類は逆に微量の毒が無いと生存出来ない。
つまり、腐海により世界が浄化されると現行人類は滅ぶ。