ゲームの方の新サクラ大戦は明らかに続編ありきの構成になってる
旧帝国華撃団唯一の生き残りのすみれに「もう一度あの方たちと会う」と言わせているし
幻都を解放すれば旧華撃団も解放されることも判明した
だから続編で降魔皇を倒して幻都を解放し旧華撃団を救出するって話をやるのがほぼ規定路線

今回のアニメは本筋とはあまり関係ないサイドストーリー的なものになるのか
ゲーム続編のほうにつながる重要な話になるのかは今のところわからんけど