メジャーバージョンアップ時は、一度初期化するもんだよ
5.xで4.xから引き継いだが、置き換えられて使われなくなった設定値や設定の記載が設定ファイルに残ったり、不要なファイルまで引き継いだりしてるだろうから
それらも纏めて更に6.xに引き継いで…とかしていれば、尚更調子が悪くなる