>>344だけど自己解決出来たので報告

全ての原因はナビバーがなかったことにあると思われる

肝心のナビバーの表示のさせ方は/systemフォルダにある「build.prop」というファイルがあるから、このファイルを開いて「qemu.hw.mainkeys」という文字列を探し、見つかったら、「qemu.hw.mainkeys=0」と書き直す。
これで再起動すればナビゲーションバーが戻った。
逆にナビバーを消したい時は「qemu.hw.mainkeys=1」として再起動すれば良さそう