当然だけど、Browser Auto Selector 等を経由すると、対応アプリどうしでもマルチウィンドウ表示出来ないんだよね。
例えば 2chmate のリンクを踏んで habit や chrome に渡すとかね。
BAS のような URL 振り分けは便利なので、なんとかマルチウィンドウと共存する方法は無いかなぁ…