自分もCM-11でDeep Sleepに入らなくなった
>>883 さんのリンク先を見て「Google Play開発者サービスがVer.7.0.97」になったのが原因みたい

そこのブログの下の方にあるリンクから
http://forum.xda-developers.com/google-nexus-5/general/script-google-play-services-battery-t3059585
fixUpdateService.zip をダウンロードしてきて
/system/etc/init.d/fixUpdateService.sh にコピーし、パーミッションを -rwxr-xr-x にして再起動したら
Deep Sleepに入るようになった

アプリをどこまで停止(休止)してよいものやら悩む…