検索履歴はアプリ上からじゃ消せない
が、別に消そうと思えば消せる

ファイラーとかから
/data/data/com.sauzask.nicoid/shared_prefs/com.sauzask.nicoid_preferences.xml
を開いて、<string name="search_Word"></string>の行を丸ごと削除、あるいは中の項目だけ削除
個別に消すことも一応これで出来るはず
後はnicoidを起動してたら完全に停止させてからnicoid再起動