連投ごめんなさい。
ドコモのいうところの「お気づきの点」（お察し下さい）。
ドコモメールのアイコンの隅に出てくる未読数がメールを完全削除しても0になりません。
登録した業者からの広告メールで、興味なかったら一覧表示の見出しだけ見て開かずに削除しますよね？
この操作をすると、ゴミ箱の中まで完全削除しても、ホーム画面のアイコンの数字が消えません（機体を再起動をしないと更新されません）。
ドコモメール自体がサービス開始から間もないので、バグが残っているのでしょう。