どっちも安定して使えてる。
BobCATのほうは、ゴミアプリの多くが data 側なので不要なものも削除が容易。とはいえ Titaniumとか使うこと考えると大差ないかも。
OMEGA のほうが活発なので、最新追い掛けるとか、問題あったとき修正早いのは OMEGAのほうかな。
BobCAT のほうは、そのまんまだと最新のGearManagerが動かん。GearManagerStub.apk をsystem/appに放り込むと解決するが修正版は出てないから手でやる必要がある。

あとは見た目は好み、アイコン類が BobCAT はカラフル。
カスタマイズは、どちらもExposed 使えてるからあまり差はないかな。