systemだけじゃなくてboot領域もチェックしてたので、
ファクトリーイメージからsystem.imgとboot.imgとってきてflashしてやればOTAパッチが当たった。
当てるのはTWRPからInstall.zipで問題ない。

うまく当たればAndroid4.3.1、JLS36Iになる。
何が違うのかはよくわからん。