adb有効になっていれば、adbで直接ファイル操作
adb有効になっていないなら、fastbootでイメージ抜き出して
linuxでloopbackマウントしてファイル操作し、結果を書き戻す

何を言ってるのかわからないなら、たぶん吹っ飛ばすだけなので
素直にファクトリーイメージで上書き初期化かな