自分の中での整理の問題を考えなければフォルダの階層は考えなくても良い
SD直下でも適当なフォルダを作って入れても、MP4などの再生可能なファイルなら動画再生アプリが勝手に見つけてくれる

SDカードは他機種やPCでフォーマットできるのなら接触部分などハード側に問題があるんだろうね
それもダメならカードが不良品だと思う